1、处理器和运行内存不同：iPhone6S采用了更新更快的苹果A9处理器，而iPhone6是A8处理器。iPhone6S的运行内存为2GB，iPhone6的运行内存只有1GB。
2、外观不同：iPhone6s作为iPhone6的升级版，屏幕尺寸与机身尺寸基本不变，由于iPhone6s采用了硬度更高的7000航空铝金属机身，机身厚度比iPhone6厚了0.2mm，重了14g。
3、相机不同：iPhone6s摄像头升级为前置500万和后置1200万像素，相比iPhone6内置的前置120万和后置800万像素摄像头，摄像头规格提升十分明显，拍照方面自然会有出色表现。iPhone6相机没有光学防抖功能，但是在iphone6中相机已经加入了光学防抖功能。
4、性能不同：相比iPhone6，新一代iPhone6s提升最大的莫过于性能。新一代iPhone6s搭载全新苹果A9双核处理器，2GB内存，性能相比搭载苹果A8处理器，1GB内存的iPhone6提升超过70% ，并且功耗还更低。
5、电池容量和待机时间不同：iPhone6的电池容量是2915mA，而6s的电池容量是2910mAh。iPhone6的理论待机时间为250小时，而6s待机时间更加的长是384小时。
6、特色功能不同：特色功能方面，iPhone6s和iPhone6都采用金属机身、指纹识别以及iOS9系统，不过iPhone6s新增了3DTouch屏幕技术，手机屏幕可以根据手指离地的不同出发不同的功能。
例如，在主屏幕界面中，用户可以通过重按APP而在不进入应用的情况下，直接呼出常用菜单。
