1、机构性质不同
事业单位是行政机构的补充，主要代替政府行使科教文卫等公益服务职能;国企说白了就是企业，只是国家为了控制或方便管理一些涉及国计民生、与百姓利益息息相关的行业，通过国有资本控股或占股的方式，实现企业的主导权。
2、财政供养方式不同
事业单位分行政类、公益类和生产经营类，行政类和公务员一样，都是财政全额拨款，本轮机构改革已被取消，大部分改为公益类：公益类分公益一类、二类和三类，一类全部是财政全额拨款，二类差额，三类部分差额、部分自收自支;生产经营类一般都是自收自支性质，国家不投入资金，全部由单位经营或收费留成维持运转。自收自支类事业单位国家已明确要求在2020年底前完成改革，全部转企推向市场。至于国企，顾名思义是企业，国家不投入资金负担单位运转，全部由企业自筹自支。
3、编制类型不同
事业单位统一使用事业编制，但分管理、专技和工勤三种岗位。国企没有编制之说，但实际上套用行政模式管理，如公务员一样也比照设置职级报备上级主管部门或国资委。国企人员达到一定级别，如比照副处，可直接调任行政事业单位任职，不受企业人员身份限制，也无需考试。
4、工资待遇不同
事业单位差不多是财政核发工资。国企实行的是年薪制，工资收入与企业效益挂钩，因此有高有低，高的比事业单位要多得多，而低的可能连生活费都发不出，面临改制下岗的风险。
