最初入选“985工程”的高等学校共有九所，被称“九校联盟”，分别为北京大学、清华大学、浙江大学、复旦大学、上海交通大学、南京大学、中国科学技术大学、哈尔滨工业大学、西安交通大学。同时截至2013年年末，“985工程”共有39所高校。
“985工程”一期建设率先在北京大学和清华大学开始实施。2004年，根据《2003—2007年教育振兴行动计划》，教育部、财 政 部印发《教育部、财 政 部关于继续实施“985工程”建设项目的意见》，启动二期建设。
2010年，根据《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010—2020年)》，教育部、财 政 部 印发《教育部、财 政 部关于加快推进世界一流大学和高水平大学建设的意见》。
