基因突变是产生超级细菌的根本原因。细菌耐药性的产生是临床上广泛应用抗生素的结果，而抗生素的滥用则加速了这一过程。
针对超级细菌的流行趋势，研发新型抗生素或新的治疗手段迫在眉睫。新型抗生素的研发周期长，且细菌耐药的发展速度远远快于新药的研发速度。而疫苗接种在人类健康史上对于控制严重致病菌的感染、流行起到了重要的作用，特异性疫苗将从源头上控制超级细菌的传播与感染。
超级细菌与曾经大规模暴发流行的非典、甲型H1N1流感不一样，非典和甲型H1N1流感是由病毒引起的传染病，可以在人与人、人与动物之间传递。超级细菌引起的是细菌感染，不是传染病，而且一般发生在医院里，虽然它耐药性强，但致病力并不强。建议勤洗手为一种防止传染的措施。
