相传清太祖努尔哈赤曾祖父福满所生的六个儿子曾居此地，故称其地为宁古塔贝勒，简称宁古塔。从顺治年间开始，宁古塔成了清廷流放人员的接收地。他们的到来，传播了中原文化，使南北两方人民的文化交流得以沟通。此外流民的涌入改变了当地以渔猎为主的原始生活方式，教他们种植稷、麦，采集人参和蜂蜜，使农业耕作得到发展。
宁古塔辖界在顺治年间十分广大，哈尔滨以南、以东皆归其统。随着设厅，疆土逐渐减少。作为国防重镇的宁古塔，是向朝廷提供八旗兵源和向戍边部队输送物资的重要根据地，也是十七世纪末到十八世纪初，东北各族向朝廷进贡礼品的转收点，因此宁古塔与盛京齐名。
宁古塔古城原在今海林县旧街古城村附近，清太宗皇太极建国号大清后，任命吴巴海为镇守宁古塔副都统，前后共有73任。由于宁古塔处于边塞要冲，光绪八年(1882)任容山为副都统，光绪九年(1883)另设钦差大臣一员，此员为吴大澄，是清末洋务派著名人物。光绪九年容山重修宁古塔城墙，胡适父亲胡传为其代撰《重修牙城记》。
